Plusieurs membres du consortium PandemicStop-AI uniront leurs forces dans le cadre d’un nouveau projet consacré à la conception, guidée par l’apprentissage automatique, de petites molécules d’antibiotiques spécifiques à Klebsiella. Ce projet a reçu un financement de 3,8 millions de dollars américains de la Fondation Gates (sur trois ans). L’équipe, codirigée par le directeur de PandemicStop-AI, Yves Brun, et par le membre du consortium Mike Tyers, s’attaquera à la résistance aux antimicrobiens (RAM) chez Klebsiella pneumoniae, un pathogène de priorité critique responsable de près de 20 % des décès mondiaux liés à la RAM. Leurs travaux contribueront à un nouveau consortium international, Gram-Negative Antibiotic Discovery Innovator (Gr-ADI), établi par la Fondation Gates, la Fondation Novo Nordisk et Wellcome, afin d’accélérer la découverte de la prochaine génération d’antibiotiques.
S’appuyant sur des expertises et des plateformes en microbiologie, en IA, en découverte de médicaments et en chimie médicinale, le projet explorera de nouveaux espaces chimiques pour concevoir des antimicrobiens innovants efficaces contre Klebsiella, dont certaines souches résistent à tous les antibiotiques connus. Les chercheurs généreront des « empreintes » cellulaires et moléculaires détaillées de Klebsiella et de ses cibles subcellulaires afin d’entraîner des modèles d’IA prédictifs et génératifs, lesquels proposeront ensuite de nouvelles molécules actives contre la bactérie. En parallèle, des chimistes médicinaux synthétiseront les candidats les plus prometteurs pour des tests expérimentaux, permettant des boucles d’apprentissage actif afin d’améliorer la conception des médicaments. Enfin, en collaboration avec le partenaire industriel Simmunome Inc., l’équipe développera un jumeau numérique de Klebsiella à l’aide de modèles d’IA entraînés sur des données expérimentales, afin de comprendre les réponses de la bactérie aux antibiotiques et ses mécanismes de résistance. En définitive, cette nouvelle initiative de recherche viendra compléter les activités propres de PandemicStop-AI, en offrant un banc d’essai supplémentaire pour les plateformes de préparation aux pandémies développées par notre consortium.
L’équipe complète soutenue par la Fondation Gates comprend les membres de PandemicStop-AI Yves Brun (Université de Montréal), Mike Tyers (The Hospital for Sick Children), Yoshua Bengio (Université de Montréal), Anne Marinier (Université de Montréal), Michal Koziarski (The Hospital for Sick Children) et Alex Hernández-García (Université de Montréal), ainsi que le partenaire industriel Simmunome Inc. et un nouveau collaborateur, Robert Batey (Université de Toronto).